Unter einer Hello! Project Shuffle Unit (ハロー!プロジェクトシャッフルユニット) (en. "shuffle" = "Mischen") verstand man eine temporäre Aufteilung aller (vollwertigen) Mitglieder des Hello! Projects von 2000 bis 2005. Durch diese neuen, temporären Gruppen (Units) sollte eine freundliche Rivalität zwischen den Mitgliedern angestiftet werden. Dies war möglich, da keine der Gruppen bereits einen großen Namen in der Musikwelt hatte und die bekanntesten und beliebtesten Mitglieder des Hello! Projects gleichmäßig aufgeteilt wurden. Bis 2003 wurden die Veröffentlichungen der Gruppierungen einzeln verkauft, die Jahre darauf wurden alle Lieder auf einer CD veröffentlicht.
Meistens gab es drei Shuffle Units pro Jahr. Jedes Jahr brachte ein neues "Thema", zum Beispiel Farben oder Feste. Während es individuelle Lieder für jede Unit gab, coverten alle Gruppen die gleiche B-Seite.
Nach 2005 und dem Debüt der Hello! Project Kids wurde das Hello! Project zu groß und an Stelle von jährlichen Shuffles beschloss man, die Mitglieder durchgehend in zwei Gruppen einzuteilen: Wonderful Hearts für die jüngeren Mitglieder, Elder Club für die älteren. Nach der Graduation letzterer 2009 gab es einen weiteren Anlauf, alle Gruppen für ein großes Projekt zusammenzuführen, unter dem Namen Hello! Project Mobekimasu. In den letzten Jahren werden in Konzerten immer wieder Mitglieder entweder zufällig oder nach Themen für kleinere Shuffle Units zusammengewürfelt. Für Hello! Project 2016 SUMMER waren die Themen zum Beispiel Geburtsjahre der Mitglieder oder ihre Mitgliedsfarben.
2000
Das Thema für 2000 war "Farben" - Rot wie Akagumi 4, blau wie Aoiro 7 und gelb wie Kiiro 5. Die B-Seite war "Hello! no Theme", welches mittlerweile als allgemeines Titellied für das Hello! Project gilt.
Durch die Auflösung von T&C Bomber und die Graduation einiger Mitglieder kurz nach der Aufteilung der Mitglieder füllten die 4. Generation von Morning Musume (Ishikawa Rika, Yoshizawa Hitomi, Kago Ai und Tsuji Nozomi) sowie die neue Solisten Maeda Yuki die Lücken.
- Single: "Akai Nikkichou"
- Mitglieder:
- Von Morning Musume: Nakazawa Yuko und Goto Maki
- Von Coconuts Musume: Danielle Delaunay
- Von T&C Bomber: Shinoda Miho
- Anmerkungen: Gewinner des Wettbewerbs
- Von Morning Musume: Abe Natsumi und Yasuda Kei
- Von Coconuts Musume: Kimura Ayaka
- Von T&C Bomber: Honda Ruru
- Solistin: Heike Michiyo
- Von Morning Musume: Iida Kaori, Yaguchi Mari und Ichii Sayaka
- Von Coconuts Musume: Mika Todd und Lehua Sandbo
- Von T&C Bomber: Kominato Miwa und Inaba Atsuko